Státní zástupce je obžaloval kvůli trestným činům zneužívání pravomoci veřejného činitele, pletich při veřejné soutěži a veřejné dražbě, porušování závazných pravidel hospodářského styku, podvodu, nepřímého úplatkářství a zločinného spolčení – za to jim hrozí trest odnětí svobody až na 10 let.
Pět let vyšetřování, 54 obžalovaných, 18 tisíc stran spisového materiálu a 40 tisíc listů příloh, tak v číslech vypadá největší kauza, jakou zatím protikorupční policie řešila. Státní zástupce nedokázal odhadnout, jak dlouho bude českobudějovický krajský soud kauzu řešit. Ale vzhledem k vysokému počtu všech obviněných a možných svědků se dá očekávat, že bude trvat velmi dlouho, než se senát dobere k rozsudku.
Trestní řízení začalo v dubnu 2006. Policisté z oddělení odhalování korupce a finanční kriminality nejprve vyšetřovali kauzu pomocí odposlechů a informací z otevřených zdrojů. Později provedli domovní prohlídky a prohlídky jiných prostor, při nichž zajistili velké množství listin a zhruba 100 počítačů. Na trestné činnosti se měli podílet hlavně ředitelé některých vojenských ubytovacích a stavebních správ a pak také vždy jeden zaměstnanec – většinou náměstek nebo nižší manažer, který měl k řediteli blízko. Dále šlo o různé vedoucí odborů z ministerstva obrany. Tyto lidé prý momentálně už většinou na ministerstvu obrany nepracují.
Kauzu navíc komplikovala řada anonymních podání, v nichž pisatelé uváděli, že státní zástupce státní zástupce Barnabáš Liška byl spolupracovníkem vojenské kontrarozvědky. Vyšetřování však následně dokázalo, že jde o výmysl.
V souvislosti s případem se spekulovalo také o možném stíhání bývalého náčelníka generálního štábu Jiřího Šedivého, bývalé ministryně obrany Vlasty Parkanové a někdejších náměstků ministra obrany Martina Bartáka a Jaroslava Kopřivy. Tato jména ale mezi obžalovanými nejsou.
Podle detektivů úřednicko-podnikatelský komplot vydělával přes vojenskou ubytovací a stavební správu – zaměstnanci ministerstva měli dohazovat spřáteleným firmám zakázky za desítky milionů korun a sami za to inkasovat i milionové provize. Údajnou korupci v armádě vyšetřovala policie v Litoměřicích, v Brně, v Českých Budějovicích, Pardubicích a Praze. Obžalovaní prý zmanipulovali nejméně 30 zadávacích řízení za 300 milionů korun.